フックポイント【wp_default_styles】を利用する

functions.phpに追記

/**
 * Change default style version
 *
 * @since 1.0.0
 * @param object $styles
 */
function default_style_version( $styles ) {
	$version = filemtime( get_template_directory() . '/style.css' );
	$styles->default_version = $version;
}
add_action( 'wp_default_styles', 'default_style_version' );

参考：https://www.terakoya.work/style-css-wordpress-core-version-change/